Letupan bom Jakarta 2009 dikaitkan lagi dengan pelajar pesantren Al-Mukmin. Timbalan pengetua Al-Mukmin, Muhammad Sholeh Ibrahim menyatakan polis Indonesia datang menyiasat sekolah itu. Pesantren Ngruki ialah sebuah institut pendidikan dan tidak melatih pengebom berani mati.

Nur Hasbi alias Nurdin Aziz atau Nur Sahid ialah pengebom yang menyerang Hotel JW Marriott. Dia dikatakan pernah belajar di situ. Nur Said bersama Asmar Latin Sani adalah lulusan pesantren itu pada 1994. Asmar Latin Sani dikatakan pengebom berani mati yang meletupkan trak bom di luar JW Marriott pada 2003, menyebabkan 12 terkorban. Nur Hasbi merupakan pelajar biasa,pendiam dan tidak ada sesuatu yang luar biasa mengenai dirinya. [1]